Где режут плазмиду — п.н. обычные ферменты рестрикции. Поиск идёт по кольцевой последовательности, поэтому сайты на стыке конца и начала тоже находятся. Щёлкните по строке — увидите сайты на линейной карте, а кнопка рядом покажет их в самой последовательности.
| Фермент | Сайт | Сайтов | Позиции разреза |
|---|
Уникальный сайт — это место, где вектор можно разрезать ровно один раз, не порвав его на куски: так плазмиду линеаризуют перед вставкой. В LIC-клонировании, по которому собран этот вектор, разрезанный вектор дальше обрабатывают T4-ДНК-полимеразой — она «отгрызает» длинные однонитевые концы, которые потом просто отжигаются со вставкой, без лигазы. А ещё рестрикция — самый дешёвый способ проверить, что выросшая колония несёт нужную плазмиду: набор длин фрагментов на геле должен совпасть с предсказанным.